במהלך השנים פיתחנו שיטת עבודה ייחודית לעבודה עם קבוצות בקונפליקט, במקום להתמקד ביחסים הבינאישיים בין המשתתפים והמשתתפות, הדגש מושם הקונפליקט הבין קבוצתי. קיימות ארבע הנחות יסוד המכוונות אותנו בעבודתנו:
א – התפיסות והאמונות עליהן בנויה זהותו והתנהגותו של האדם הינן תפיסות יציבות ועמוקות, ולרוב קשה לשנותן.
ב – הסכסוך מושתת על מפגש בין שתי קבוצות לאומיות ולא בין יחידים כאשר אנו רואים בקבוצה משהו מהותי מעבר לסך כל היחידים המרכיבים אותה.
ג – הקבוצה הינה מיקרו קוסמוס של המציאות ולכן ניתן ללמוד דרכה על החברה.
ד – קבוצת המפגש הינה קבוצה פתוחה הקשורה למציאות החיצונית ומושפעת ממנה.
צוות המנחים הוכשר בגישת עבודה דיאלוגית המבוססת על ההנחות הללו והם מנסים לחשוף את היחסים בחברה ולחקור אותם כדי לפרק מבני דיכוי – התייחסות כזו כשלעצמה מהווה התנסות מעשירה החושפת את המשתתפים והמשתתפות לשיח אלטרנטיבי.
בעבודתנו אנו מנסים לחשוף את התפיסות והאמונות עליהן בנויה זהותם של היחידים בקבוצה כדי שיוכלו להתמודד איתן. המשתתפים\ות היהודים והפלסטינים נפגשים כדי לבדוק את הזהויות הלאומיות והאתניות שלהם, וכדי לבחון את האינטראקציה ביניהם בקבוצה כמיקרוקוסמוס ליחסים היהודים-ערבים בחברה.
המתודה של בית הספר לשלום מושתתת על שנים של מחקר, תיאוריה, ופיתוח גישות מהטובות בתחום יישוב סכסוכים. ייחוד השיטה הוא ההכרה במאזן הכוחות הלא סימטרי הקיים ביחסים בין היהודים והפלסטינים אזרחי ישראל ובין הישראלים והפלסטינים בשטחים הכבושים, ובהתייחסות הישירה לסכסוך. המשתתפים\ות נפגשים כדי לדון ולדבר על ההשפעה הישירה של הסכסוך על חייהם ועל הבעיות שקבוצת הלאום שלהם מתמודדת איתן.
מטרתנו היא לאפשר למשתתפים ולמשתתפות להעשיר את נקודת מבטם ולבחון באופן ביקורתי את המובן מאליו ולנסות לתת משמעות לתהליכים הסוערים והאלימים שקורים מסביבנו. אך בעיקר מטרתנו היא להביא את המשתתפים והמשתתפות לפעול למען שינוי המציאות.צוות המנחים והמנחת שלנו פועלים מתוך תפיסה ביקורתית של המציאות ושם דגש על ההשלכות של יחסי רוב ומיעוט על חיינו, על יחסי הכוחות בין הצדדים, ועל חוסר הסימטריה בין הצדדים הקיימת בחברה הישראלית.
המודל שפיתח בית הספר לשלום נחקר על ידי חוקרים רבים הן מישראל והן מחו"ל, וכמו כן נכתבו מאות מאמרים וספרים על השיטה שלנו. הצוות שלנו העביר הכשרות ועבד עם קבוצות רבות מאזורי סכסוך ברחבי העולם, כולל צפון אירלנד, קוסובו, ארה"ב, אנגליה, קפריסין, דרום אפריקה, וקוסטה ריקה.