פרויקט הדגל של ביה"ס לשלום מאז 2006 הוא הקורסים שאנו מקיימים לאנשי מקצוע יהודים ופלסטינים על מנת להכשירם להיות מובילי שינוי לקידום השלום והשוויון בחברה שלנו. אלו קורסים שאורכם שנה –שנה וחצי אחת לחודש והם כוללים התנסות בדיאלוג מעמיק יהודי-פלסטיני, רכישת ידע על הקשר בין המקצוע של המשתתפים לבין הקונפליקט. החלק השלישי מוקדש ליישום התובנות שנוצרו והידע שנרכש דרך פעולה בשטח.
מטרתנו היא לאפשר למשתתפים ולמשתתפות להעשיר את נקודת מבטם ולבחון באופן ביקורתי את המובן מאליו ולנסות לתת משמעות לתהליכים הסוערים והאלימים שקורים מסביבנו. זאת כדי להביא את המשתתפים והמשתתפות לפעול למען שינוי המציאות.
בין הקבוצות המקצועיות שהכשרנו היו: פוליטיקאים צעירים, אנשי בריאות הנפש, מתכננים ואדריכלים, מנהיגים ופעילים חברתיים בערים המעורבות, אנשי תקשורת, עורכי דין, אנשי איכות הסביבה, מורים, רופאים ועוד.
