בית הספר לשלום הוקם בשנת 1979 כמוסד חינוכי-רעיוני של וואחת אלסלאם ~ נווה שלום במטרה להשפיע על מערך היחסים בין יהודים ופלסטינים בישראל ובפלסטין, ומהווה חלק מהמאמץ של תושבי ותושבות וואחת אלסלאם ~ נווה שלום לקדם יחסים שוויוניים וצודקים יותר בין יהודים ופלסטינים.
הפעילות שלנו בבית הספר לשלום הינה חינוכית–פוליטית ומטרתה הפיכת החברה להומאנית, שוויונית וצודקת. צוות המנחים שלנו פועל מתוך תפיסה ביקורתית של המציאות ושם את הדגש על ההשלכות של יחסי רוב ומיעוט על מציאות חיינו, על יחסי הכוחות בין הצדדים, ועל חוסר הסימטריה הקיימת בחברה הישראלית.
מניסיוננו אנו למדים כי עובדות וידע בלבד אינם מספיקים כדי ליצור מודעות חברתית-פוליטית ובחינה מחודשת
של המציאות, אלא דווקא התייחסות ישירה לאירועים, תוך שמירה על מרחב מוגן לבחון רגשות ומחשבות בקבוצה, הצבת אלטרנטיבות בפני המשתתפים\ות, ואיתגור המבנים החברתיים והפוליטיים מייצרים חוויה לימודית משמעותית וייחודית.
חלק מהתוכניות שלנו מתקיימות בקמפוס בית הספר לשלום בואחת אלסלאם ~ נווה שלום, וחלק נערכות באוניברסיטאות ובקהילות שונות בישראל, פלסטין ואף מחוץ לגבולות האזור. דרכן אנחנו מנסים ליישם את העקרונות על פיהם קמה קהילת ואחת אלסלאם ~ נווה שלום. מיקום ביה”ס לשלום בכפר נווה שלום ~ וואחת אלסלאם, שהוא היחיד בארץ בו בחרו יהודים וערבים לחיות יחד בשוויון, מאפשר למשתתפים משני העמים לחוש בבית במקום ולשאוב עידוד מהמודל של חיים משותפים ושוויוניים שנוצר במקום.
אנו מציעים פעילות מגוונת הכוללת מפגשים דו-לאומיים ותוכניות חד-לאומיות וקורסים מתמשכים להכשרת סוכני שינוי לקבוצות שונות בחברה הכוללות תלמידים, מורים, סטודנטים, בעלי מקצועות טיפוליים, פעילים בארגונים לשינוי חברתי, מנהיגים בערים המעורבות, עורכי דין, מתכננים, עיתונאים, רופאים, אנשי איכות הסביבה, פוליטיקאים ועוד. אנו פונים גם לקהל הרחב וגם לאנשי מקצוע העובדים עם שתי האוכלוסיות. דרך אינטראקציה עם האחר מתפתחת אצל המשתתפים\ות חשיבה ביקורתית, נחשפים מנגנונים מדכאים שמבנים את החברה ומתחזקים את הקונפליקט הפלסטיני–יהודי, ונוצרת הבניה של זהות לאומית בריאה וברורה. 
בשלב מתקדם יותר נוצרת אצל המשתתפים מוטיבציה לפעול לשינוי חברתי ופוליטי אשר יביא לשינוי המציאות בה אנו חיים. כאן משמש בית הספר לשלום כגוף תומך ומדריך המלווה את היוזמות של המשתתפים.
בית הספר לשלום הוא גוף עצמאי שעיקר המימון לפעילותו מגיע מקרנות, מאגודות הידידים של ואחת אלסלאם ~ נווה שלום בחו”ל, ומהמשתתפים עצמם. המוסד מנוהל על ידי ועד מנהל והנהלה, והצוות החינוכי מורכב ממספר דומה של מנחים ומנחות ערבים ויהודים, בעלי השכלה אקדמית במדעי החברה והרוח ובעלי הכשרה ייחודית בהנחיית קבוצות קונפליקט. בכל פעילות של דיאלוג בה נפגשים יהודים וערבים מתקיימת הנחייה ערבית–יהודית במבנה שוויוני, אשר מנסה לתת מענה לצרכים של כל קבוצה לאומית.
אנו עובדים בשיתוף פעולה מלא עם ארגונים פלסטיניים הפועלים לקידום הדמוקרטיה והשלום, המרכזי שבהם הינו ארגון אינמאא, היושב ברמאללה. כמו כן מתקיים שיתוף פעולה עם ארגון תחפיז שבאזור ג'נין, ועם עמותות שלום פלסטיניות נוספות. לאורך כל השנים ובכל התקופות הפוליטיות מגיעים פלסטינים מישראל ומהרשות הפלסטינית למפגשים המתקיימים בנווה שלום, ומביעים שביעות רצון מהתהליך ומהמקום השוויוני הניתן לקבוצת הלאום שלהם למול קבוצת הלאום היהודית. אנו ממשיכים לפעול ולקיים מפגשים גם “תחת אש”, אנו מצהירים כי גם בשעות משבר, המאמץ להפסקת המלחמה ולקידום השלום לא נפסק. 
ביה”ס לשלום היה הראשון מבין ארגוני השלום שיצר את הדיאלוג והעבודה המשותפת בין אנשי האקדמיה באוניברסיטאות לבין אנשי השדה, הדבר בא לידי ביטוי בקורסים המתקיימים בשיתוף בין ביה”ס לשלום לבין שלוש אוניברסיטאות מובילות בארץ ומספר מכללות. שיתוף פעולה זה בא גם לידי ביטוי בסמינרים משותפים בין אנשי אקדמיה ואנשי שדה שמתקיימים במקום, וכן במחקר שנעשה על נווה שלום ועל עבודת בית הספר לשלום בשיתוף עם אנשי אקדמיה בארץ ובעולם.
כיום, במהלך השנה, אנו מקיימים מספר קורסים לאנשי מקצוע שונים בבית הספר לשלום בשותפות עם ארגונים שונים כמו המרכז הערבי לתכנון אלטרנטיבי בתוכנית לאדריכלים ומתכננים. נוסף לכך מתקיימים קורסים למובילי צדק סביבתי, למנהיגות בערים המעורבות, ותוכנית להכשרת 120 פוליטיקאים בדרך, ישראלים ופלסטינים, המכשירה אותם להיות מנהיגים שיובילו שלום צודק בין העמים בתמיכת האיחוד האירופי ובשיתוף עם אינמאא. בנוסף לקורסים מתקיימות סדנאות לתלמידי ותלמידות תיכון וקורסים אקדמיים באוניברסיטאות תל אביב, בן גוריון וחיפה ובמדרשת רופין.
בסתיו 2017 בית הספר לשלום יפתח תכנית גדולה להכשרת 120 סוכני שינוי מאנשי בריאות הנפש, ישראלים ופלסטינים, להיאבק בהסתה ולהוביל פרויקטים משותפים המקדמים את השלום בין שני העמים.