أقيمت مدرسة السلام عام 1979 كمؤسسة تربوية فكرية لواحة السلام ~ نفي شالوم بهدف التأثير على منظومة العلاقات بين اليهود والفلسطينيين في إسرائيل وفلسطين، وهي تشكل جزء من جهود سكان القرية لتطوير علاقات أكثر مساواةً وعدلًا بين اليهود والفلسطينيين.
نشاطنا في مدرسة السلام تربوي–سياسي هدفه جعل المجتمع أكثر إنسانيًا ومتساويًا وعادلًا. يعمل طاقم الموجهين في المدرسة بوحي مذهب نقدي للواقع ويتمحور في إسقاطات العلاقات بين أكثرية وأقلية على واقع حياتنا وعلى علاقات القوى وغياب التكافؤ بين الجانبين في المجتمع الإسرائيلي.
نستنتج من تجربتنا أن المعلومات والحقائق وحدها لا تكفي لخلق وعي اجتماعي وسياسي وإعادة النظر في الواقع من جديد، بل التعامل المباشر مع الأحداث، وبنفس الوقت منح مجال آمن لفحص المشاعر والأفكار في المجموعة، ووضع البدائل أمام المشتركين\ات، وطرح تحدٍ على المباني الاجتماعية والسياسية القائمة، يخلق تجربة تعلّمية مميزة ومؤثرة.
يتمّ جزء من برامجنا في حرم مدرسة السلام في واحة السلام ~ نفي شالوم، والجزء الآخر في الجامعات وفي مجتمعات مختلفة في إسرائيل وفلسطين وخارج حدود المنطقة، أيضا. من خلال هذه البرامج نحاول تطبيق المبادئ التي أقيمت عليها قرية واحة السلام ~ نفي شالوم. وجود مدرسة السلام في واحة السلام ~ نفي شالوم، القرية الفريدة من نوعها في البلاد حيث اختار يهود وعرب العيش معا بمساواة، تمنح المشاركين من الشعبين الشعور أنهم في البيت ويستمدون عزيمة من نموذج الحياة المشتركة في القرية.
نقترح في مدرسة السلام نشاطات متنوعة تشمل لقاءات ثنائية القومية وبرامج أحادية القومية، ودورات مستمرة لتأهيل وكلاء تغيير لمجموعات مختلفة في المجتمع، منها: التلاميذ، والمربين، وطلبة الجامعات، وأصحاب المهن العلاجية، ونشطاء في منظمات التغيير الاجتماعي، وقادة من المدن المختلطة، ومحامين ومخططي مدن وصحفيين وأطباء وناشطين بيئيين وسياسيين وغيرهم. كما نتوجه بنشاطاتنا إلى الجمهور الواسع وإلى مهنيين يعملون مع المجتمعيْن. ينشأ لدى المشتركين\ات، من خلال التفاعل، تفكير نقدي. ويتم الكشف عن منظومات قهرية تصمّم المجتمع وتكرّس ديمومة الصراع الفلسطيني–اليهودي ويُصار 
إلى تطوير هوية قومية أكثر معافاة ووضوحًا. في مرحلة لاحقة تنشأ لدى المشاركين\ات الدافعية للعمل الاجتماعي–السياسي الذي يُفضي إلى تغيير الواقع الذي نعيشه. هنا، تُشكل مدرسة السلام جسمًا داعمًا ومرشدًا يرافق مبادرات المشاركين\ات.
مدرسة السلام جسم مستقلّ يحصل على تمويله الأساسي من صناديق ومن جمعيات أصدقاء واحة السلام ~ نفي شالوم في الخارج ومن المشاركين\ات في الفعاليات. تُشرف على مدرسة السلام لجنة إدارية وإدارة، ويتألف الطاقم التربوي من عدد متساوٍ من المرشدين العرب واليهود ذوي ثقافة أكاديمية في العلوم الاجتماعية والأدبية وذوي تأهيل خاص في توجيه مجموعات في صراع. في كل نشاط يلتقي فيه يهود وعرب يكون التوجيه عربيًا–يهوديًا ضمن مبنى متكافئ يسعى إلى توفير احتياجات كل مجموعة قومية.
تعمل مدرسة السلام بالتعاون التام مع جمعيات فلسطينية تسعى إلى تعزيز الديمقراطية والسلام. من أهم هذه جمعيات هي مركز إنماء الفلسطيني الذي ينشط من رام الله. كذلك، هناك تعاون مع منظمة تخفيز من جنين وجمعيات سلام فلسطينية أخرى. يصل إلى اللقاءات في واحة السلام ~ نفي شالوم فلسطينيون من إسرائيل ومن فلسطين، على مدار كل سنوات العمل وفي كل الفترات السياسية، ويعبرون عن رضاهم من سيرورات العمل ومن المكانة المتساوية التي تتوفّر لمجموعتهم القومية مقابل المجموعة القومية اليهودية. نحن نواصل في عملنا ونعقد اللقاءات أيضًا «تحت النار» في أوقات الشدة والتصعيد. نحن نعلن أن الجهود لوقف الحرب ودفع السلام لا تتوقف حتى في أوقات الأزمات والتصعيد
.
كانت مدرسة السلام الأولى من بين منظمات السلام التي أقامت حوارًا وعملًا مشتركًا بين الأكاديميين في الجامعات وبين الناشطين في الحقل، الأمر الذي تجسد في تعاون مدرسة السلام مع ثلاثة جامعات رائدة في البلاد وعدد من الكليات. تجسد هذا التعاون أيضًا في ندوات دراسية مشتركة بين الأكاديميين والناشطين في الحقل نظمتها المدرسة، وكذلك في أبحاث أجريت على واحة السلام وعن عمل مدرسة السلام بالتعاون مع أكاديميين من البلاد والخارج.
اليوم، على مدار السنة، نعقد عدة دورات لمهنيين\ات من مجالات مختلفة بالتعاون مع جمعيات مختلفة مثل المركز العربي للتخطيط البديل في برنامج المعماريين ومخططي المدن، دورة لتأهيل وكلاء تغيير في مجال العدالة البيئية، دورة رواد تغيير في المدن المختلطة، وبرنامج تأهيل 120 سياسيين، إسرائيليين وفلسطينيين، صاعدين ليكونوا القادة الذين سيجلبون السلام العادل بين الشعبين. وذلك بالتعاون مع مركز إنماء الفلسطيني وبتمويل الاتحاد الإيروبي. بالإضافة لهذه الدورات نقيم أيضًا ورشات لطلاب وطالبات المدارس الثانوية ومساقات أكاديمية في جامعة تل-أبيب، جامعة بن-ݘوريون، جامعة حيفا، والمركز الأكاديمي روپين.
ستفتتح مدرسة السلام في خريف 2017 برنامج شامل لتأهيل 120 وكلاء تغيير لمهنيين في مجال الصحة النفسية، إسرائيليين وفلسطينيين، ليحاربوا التحريض ويقودوا مشاريع مشترك تقدم السلام بين الشعبين.