מכון מחקר בביה”ס הספר לשלום עוסק במחקרים הקשורים להיבטים הפוליטיים והחברתיים של החברה הישראלית במיוחד בכל הקשור ליחסי יהודים ופלסטינים אזרחי ישראל. בנוסף, המכון מספק מערך תיעוד שיטתי של הקורסים בביה”ס לצורכי מחקר וליווי מדעי לקורסים אלה. המכון מקדם יצירת ידע וקידום חשיבה ברוח חזון בית הספר לשלום ושואף למצוינות, מקצועיות וחדשנות.